Según la tradición, San Francisco de Asís, a su regreso de Compostela en 1213, fundó en Sangüesa la Vieja (Rocaforte), un eremitorio en la iglesia de San Bartolomé.
Ya en 1250, varios frailes estaban asentados en la Sangüesa del llano, y fueron favorecidos por la protección del rey Teobaldo II. El 18 de octubre de 1266, según recuerda la lápida empotrada en el muro izquierdo junto a la puerta, fundó dicho rey la iglesia conventual y la dotó de numerosas limosnas. Posteriormente levantaron el convento.
Se accede al interior de la iglesia por una portada gótica con arco apuntado que se abocina por cuatro arquivoltas.
El interior de la iglesia reproduce el típico templo de una sola nave con cabecera recta, rasgo muy característico de las órdenes mendicantes del siglo XIII.
A principios del siglo XVI se sustituyó la cubierta original por una bóveda estrellada.
Una puerta lobulada da acceso, desde la iglesia, al precioso claustro gótico, siglo XIV, de planta rectangular, casi cuadrada con 64 arcos apuntados.
Desde 1898 residen en él los Padres Capuchinos.