Se empezó a construir en 1290 bajo el reinado de Teobaldo II. Después de años de esplendor llegó el abandono en 1839 con la desamortización de Mendizábal. Sobrevivieron muros y contrafuertes y una reconstrucción final lo salvó de la ruina total.
El conjunto de dependencias monacales resulta impresionante por su magnitud, disponiéndose las distintas alas en torno al gran claustro cuadrado, según la organización habitual de los monasterios medievales. La Iglesia, situada al norte del claustro, empezó a construirse alrededor del año 1.260, y consta de nave única muy alargada a tres niveles para adecuarse a la irregularidad del terreno.
En el muro de los pies del templo se abre un sencillo rosetón de sección achaflanada que se encuadra por dos blasones de piedra; en el inferior reproduce el escudo de la ciudad de Estella-Lizarra mientras que el de la parte superior es partido con las cadenas de Navarra, de una parte, y tres bandas terciadas de la otra.
En el segundo tramo del muro del Evangelio se localiza el Sepulcro adosado del caballero Gonzalo de Baquedano, fallecido en 1.428 y de su mujer Teresa Palomeque. A ambos lados se reproducen en piedra las armas de los difuntos. Inmediato al anterior hay un segundo sepulcro más pequeño, obra del siglo XIV.