Es fruto de varias remodelaciones. Siglo XI. Cabecera de tres naves cubiertas con bóveda de cañón que desembocan en ábsides semicirculares. En ella se sitúa el coro de los monjes y el altar. Junto con la cripta, que le sirve de cimentación, forman la construcción de estilo románico más antigua de Navarra. Siglo XII. Nave central que culmina en la Porta Speciosa. Es el resultado de una gran ampliación en la que se respetó la cabecera, se alargaron los muros laterales y se realizó la portada. En el muro norte, tras una reja del siglo XVI, se encuentra un arcón con los restos de los primeros reyes de Navarra. Siglo XVI Bóveda gótica. Se renueva la cubierta, se ejecutan las elegantes bóvedas de crucería, se refuerzan y elevan los muros y se traza la sala capitular.