La cabecera del templo con sus tres ábsides es la única parte de la iglesia románica que ha llegado a nuestros días. Esta cabecera se terminó de construir aproximadamente en el año 1089, durante el reinado de Sancho
Ramírez.
Tres arcos de medio punto peraltados y apoyados en robustos pilares en forma de cruz dan paso a esta cabecera.
ÁBSIDES ROMÁNICOS
La triple cabecera románica es muy profunda y está cubierta en todos sus tramos por bóvedas de medio cañón. Siguen los tres ábsides semicirculares con sus bóvedas de horno. Si hablamos de la labor escultórica de esta parte diremos que la decoración muy esquematizada, es principalmente de impostas con decoración de taqueado y de sogueado, y alguna vegetal. El ábside central tiene tres vanos o ventanas al exterior, dos de ellas ciegas,
mientras las laterales solamente tienen uno.
De los tres ábsides, el central fue casi totalmente renovado en la restauración llevada a cabo en el edificio en 1951.
Hubo otras tres naves románicas construidas en el siglo XII. Sobre la parte románica de la iglesia cabe decir que inicialmente, y posiblemente por falta de medios económicos, no avanzó más que hasta los arcos que hoy separan románico y gótico.
Hubo que esperar un siglo para que se emprendiese la continuación del templo, coincidiendo con la construcción de los primeros 15 metros de la actual torre grande que tiene muestras de un románico tardío de finales del siglo XII.
Según todos los indicios parece que en esta época del siglo XII se levantaron tres naves (en parte de la zona que ahora ocupa la nave gótica) cubriéndose un poco más arriba de los arcos románicos de separación que vemos ahora.
IMAGEN DE SANTA MARÍA LA REAL DE UJUÉ
En el ábside central encontramos la imagen de Santa María la Real de Ujué. Tras serios estudios se ha llegado a la conclusión de que ésta es una talla del segundo tercio del siglo XII. Es patente el hieratismo y frontalidad que caracterizan a las imágenes de la época. Tallada en madera de aliso, mide aproximadamente 90 centímetros, y aparece sentada sobre un escabel, con los brazos abiertos, sirviendo de trono para el Niño que, sentado en su centro y en posición frontal, bendice con su mano derecha mientras sostiene el libro del Nuevo Testamento en su mano izquierda. El esquema de esta hermosa talla deriva de la Virgen del Sagrario de la Catedral de Pamplona, siendo una de las pocas que conserva, al igual que el modelo, el forro de plata.
No olvidemos la devoción popular que se le tiene a esta imagen visitada año tras año por 18 pueblos que vienen en romería hacia ella al menos desde el siglo XIV.
EL CORAZÓN DE CARLOS II DE NAVARRA
También tenemos en el ábside central el corazón de Carlos II el Malo. Murió en el año 1386 y quiso que el cuerpo lo enterraran en la Catedral de Pamplona, las vísceras en Roncesvalles y que su corazón descansara en Ujué.
Puede verse cerca de la imagen de la Virgen, a la que tanta devoción tuvo, en un nicho practicado en el ábside central, detrás de una reja, en un pichel de vidrio. La vasija que contiene el corazón está sobre una caja de madera en la que debiera estar metido y oculto a las miradas como si fuera un ataúd.
